只要身體排走病菌，腸胃炎就能自然痊癒。腸胃炎期間，人體會大量流失水分，有機會出現脫水的情況，所以患者要注重補充水分及電解質，直至病菌完全排出為止。

最近的研究發現，除了讓身體自然排走病菌外，補充益生菌亦有助腸胃炎加速康復。

益生菌指任何可以促進腸道菌種平衡、增加宿主健康效益的微生物。醫學資料庫Cochrane Library在2010年為益生菌對腸胃炎的功效發表了一份大型研究，當中分析了63份臨床研究，共牽涉8014位參與者。研究發現，益生菌能減少腹瀉時間平均約25小時，並能減少4日或以上持續腹瀉的風險約60%。此外，益生菌亦有助減少抗生素引起的腹瀉。